Ngày 01 tháng 12 năm 1993 UBND tỉnh Thanh Hoá ra quyết định số 16/9/TC/UBTH thành lập trường phổ thông cấp II Năng khiếu thị xã Thanh Hoá, tiền thân của trường THCS Trần Mai Ninh ngày nay, do thầy giáo Nguyễn Tương làm hiệu trưởng. Ngày 5/9/1994 là ngày khai giảng đầu tiên của trường.

Cuối năm học 1997-1998 Bộ Giáo dục và đào tạo quyết định xoá bỏ loại hình trường chuyên, lớp chọn. Ngày 14 tháng 3 năm 1998 trong công văn số 382/QĐ-TC/UB của UBND tỉnh Thanh Hóa, UBND tỉnh Thanh Hóa quyết định đổi tên trường Trung học cơ sở Năng khiếu Thành phố Thanh Hóa thành trường THCS Trần Mai Ninh và được giao nhiệm vụ xây dựng thành trung tâm chất lượng cao bậc học THCS của thành phố.

Từ tháng 1 năm 2001 đến tháng 12 năm 2010 thầy giáo Nguyễn Mạnh Hoàng làm hiệu trưởng.

Từ tháng 3 năm 2011 đến tháng 6 năm 2016 thầy giáo Hoàng Văn Viên làm hiệu trưởng.

Từ tháng 10 năm 2017 đến nay thầy Cô giáo Trần Thị Phương Lan làm hiệu trưởng nhà trường.

          Sau 29 năm xây dựng và phát triển, trải qua bao khó khăn vất vả, các thầy cô giáo, cán bộ công nhân viên trường THCS Trần Mai Ninh đã tận tâm, tận lực chăm lo dạy dỗ cho bao lớp học sinh thân yêu trưởng thành, đưa nhà trường vươn lên đạt danh hiệu “Đơn vị dẫn đầu khối THCS” toàn tỉnh, được Nhà nước tặng Huân chương lao động hạng ba và nhiều bằng khen. Với thành tích hàng năm tỷ lệ học sinh đạt loại khá và giỏi toàn diện chiếm 85-90%, nhiều em đạt giải cao trong kỳ thi học sinh giỏi cấp Thành phố, cấp Tỉnh, cấp Quốc gia, hàng năm nhà trường có từ 110-150 học sinh thi đậu vào chuyên Lam sơn và chuyên Bộ, 99.7% thi đâụ vào các trường cấp 3 công lập, nhiều năm học liên tục như năm học 2020- 2021, 2021- 2022, 2022- 2023 nhà trường có học sinh thủ khoa, Á khoa THPT Hàm Rồng, Đào Duy Từ như các em: Nguyễn Tấn Lộc, Lê Nguyễn Hồng Ánh…, Các em học sinh Tiêu biểu là các cựu học sinh của trường đạt huy chương quốc tế như: Em  Đỗ Quang Yên đạt Huy chương vàng Olympic Toán quốc tế (năm 1999), em Hoàng Đức Ý đạt Huy chương vàng Olympic Toán quốc tế (năm 2008), em Nguyễn Thị Như Quỳnh đạt huy chương đồng Olympic quốc tế môn Sinh (năm 2009), em Nguyễn Hoành Đạo đạt  Huy chương đồng Olympic quốc tế môn Vật lí (năm 2010), em Lê Huy Quang đạt Huy chương bạc Olympic quốc tế môn Vật lí (năm 2012), em Mỵ Duy Hoàng Long đạt Huy chương bạc Olympic quốc tế môn Vật lí (năm 2013), em Nguyễn Ngọc Long, Nguyễn Khánh Linh đạt Huy chương vàng Vật Lí Quốc tế 2018, em Hoàng Minh Trung Huy chương vàng Quốc tế môn Sinh học năm 2017. Kết quả tiêu biểu của nhà trường trong những năm gần đây là:

1. Danh hiệu thi đua:

2. Hình thức khen thưởng:

 Đây là niềm tự hào không chỉ của cán bộ giáo viên, học sinh nhà trường mà còn là niềm tự hào của thành phố Thanh Hóa. Tập thể ban lãnh đạo nhà trường mong rằng cán bộ, giáo viên nhà trường tiếp tục phát huy nhiều hơn nữa những truyền thống tốt đẹp của nhà trường để ngôi trường THCS Trần Mai Ninh mãi xứng đáng với sự tin yêu của học sinh và phụ huynh  thành phố Thanh Hoá, mãi xứng đáng là : Vườn ươm những ước mơ.